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解決方案

激光技術在 DNA 測序領域的最新發(fā)展

來源:儀器信息網2020-07-24 我要評論(0 )   

20世紀90年代,全球多個研究實險室的科研人員投入了數(shù)百萬工時,繪制完成了第一個完整的人類基因組序列。從那時起,在基于多種創(chuàng)新方法的一系列自動化儀器的幫助下,個...

20世紀90年代,全球多個研究實險室的科研人員投入了數(shù)百萬工時,繪制完成了第一個完整的人類基因組序列。從那時起,在基于多種創(chuàng)新方法的一系列自動化儀器的幫助下,個人 DNA 測序的成本和時間大幅降低了多個數(shù)量級。就某種程度而言,所有這些儀器實際都依賴于通常以激光為光源的熒光檢測。   


起初,市場對人類基因測序的需求并不大。而目前市場對這種應用的需求迫切、增長迅速,有這樣幾個原因。商業(yè)化的族源分析現(xiàn)在成為了一個主要應用領域。這種需求在美國尤其旺盛,因為美國有很大一部分人口是20 世紀來到這里的移民后代。他們中的許多人現(xiàn)在希望通過分析了解自己的地域沿襲狀況和族譜情況。 


在中國,產前基因篩查現(xiàn)在發(fā)展迅速。許多父母傾向于通過簡單的抽血來對母親的 DNA 進行基因分析,而不再是采用從羊膜腔抽取羊水這種雖然低風險但非零風險的方法。這特別適合高齡產婦(> 40 歲),因為她們的嬰兒可能面臨較高的出生缺陷風險。測序也被作為一種法醫(yī)工具而廣泛使用。在許多國家/地區(qū),任何被判有某種罪行的罪犯的 DNA 都會經過分析并被存儲在國家數(shù)據(jù)庫中,通過對當前犯罪活動甚至過去犯罪活動中檢測到的 DNA 進行分析,然后與已有的 DNA 數(shù)據(jù)庫進行比對。事實證明,這對解決“懸案”以及為過去被誤判的人洗脫罪名方面極其有用。   


如前所述,目前多種基于激光熒光技術的方法被用于商業(yè)化的測序儀器中。Coherent相干公司獨有的光泵半導體激光器 (OPSL) 專利技術具有很多突出特性,使其非常適合用于測序中的熒光激發(fā)。   


與許多早期激光器不同,OPSL 技術具有靈活的功率擴展性。這使得激光器的功率范圍可以從幾毫瓦擴展到幾十瓦。對于適合基因測序的激光器而言,Sapphire系列是其中的代表。該系列于十多年前推出,是第一款提供藍光(488 nm 波長)的固態(tài)激光器,輸出功率達數(shù)十毫瓦。現(xiàn)在其功率高達 500 mW、體型小巧、功耗低且傳導冷卻簡單。(相干公司近期宣布了該系列激光器出貨量業(yè)已突破50,000臺這一里程碑式的成就)   

圖 1.目前,大多數(shù) DNA 測序方法依賴于激光熒光技術,不同的熒光染料分別表示四種不同的核苷酸 (ACGT)。   


功率有什么重要意義?作為具有商業(yè)前景的領域,DNA 測序的發(fā)展有賴于檢測速度的大幅提升以及相應檢測成本的大幅降低。速度提升主要是并行處理和自動化產生的結果;第一次人類基因組測序是按順序進行的,而今天的技術可以做到同時對數(shù)千個較短的基因組片斷進行測序。簡而言之,并行記錄數(shù)千個數(shù)據(jù)點實質上意味著直接或間接地分散降低了激光功率。因此,要獲得可接受的信噪比且避免長時間的數(shù)據(jù)采集,就需要更高的激光功率。   

圖 2.OPSL 技術具有波長靈活性,可使用許多標準波長的激光,并可根據(jù)要求提供定制 OEM 波長。   


OPSL 技術的另一個重要特性是波長靈活性。氣體激光器和早期固態(tài)激光器僅限于原子物理學確定的固定頻率。而OPSL 是基于半導體芯片,其輸出波長可以在很寬的光譜范圍內進行定制:從紫外波長到近紅外波長。這一點很重要,因為測序取決于能否通過激光激發(fā)四種化學標記(熒光染料)中的熒光,它們分別針對四種 DNA核苷酸 ACGT 中的一種。測序的精準度取決于能否區(qū)分四種熒光染料,測序速度取決于能否高效激發(fā)它們。充分提高儀器效率意味著讓激發(fā)波長去匹配每個標記的最大吸收峰,而不是嘗試反向匹配。相干公司的 OBIS 激光器可以提供20多種不同的波長,智能化、“即插即用”的標準配置,可實現(xiàn)儀器的快速集成和開發(fā)。此外,大多數(shù)OBIS激光器都提供自由空間或光纖偶合輸出選項,這進一步簡化了它們在當下和未來測序儀器中的使用。 

 

作者:   

姚建武,michael.yao@coherent.com   

Matthias Schulze, matthias.schulze@coherent.com   

Coherent相干公司 cn.coherent.com 



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